無菌室一般是在微生物實驗室內專辟的一個小房間，面積不宜過大，約4m2~5m2，高2.5m左右即可。無菌室外要設一個緩沖間、凈化風淋間及更衣間。無菌室和緩沖間都必須密閉。室內裝備必須有空氣過濾裝置。無菌室和緩沖間都裝有紫外線燈，無菌室的紫外線燈距離工作臺面 lm。無菌室內的地面、墻壁必須平整，不易藏污垢，便于清潔。工作臺的臺面必須處于水平狀態。工作人員進入無菌室應在更衣室穿戴好滅菌的衣、帽、鞋，經過凈化風淋室，再到緩沖間，然后進入無菌室進行檢驗工作。
縣級市的企業一般實驗室多使用小型超凈工作臺。超凈工作臺其結構簡單，便于移動，工作臺內有紫 外燈和凈化風機，外部是推拉式小門或開兩個洞的玻璃門，操作時將雙臂伸進去即可。
對于無菌室設計一般有如下的要求：
1）無菌操作間的潔凈度應達到10000級，室內溫度保持在20℃-24℃，濕度保在45％~60％，超凈臺潔凈度應達到100級。無菌室應每月檢查菌落數，在無菌室或超凈工作臺開啟的狀態下，取內徑90mm的無菌培養皿若干，無菌操作分別注入融化并冷卻至約45℃的平板計數瓊脂培養基的 15mL，放至凝固后，倒置于36℃ ±1℃培養箱培養 48h，證明無菌后，取平板 3～5個，分別放置在工作位置的左中右等處，開蓋暴露30分鐘后，倒置于36℃ ±1℃培養箱培養 48h，取出檢查。100級潔凈區平板雜菌數平均不得超過1個菌落，10000級的潔凈室平均不得超過3個菌落，如超過限度，應對無菌室進行徹底消毒，直至重復檢查合乎要求為止。
2）無菌室應保持清潔整齊，室內僅存放必須的檢驗用具如酒精燈、酒精棉、打火機、鑷子、接種環、剪刀及玻璃筆等。嚴禁堆放雜物，以防污染。
3）無菌室應備有工作濃度的消毒液 ，如 5％的甲酚溶液，75％的酒精，0.1％的新潔爾滅溶液等等。
4）需要帶入無菌室使用的儀器、藥品、玻璃器皿等一切物品，均應包扎嚴密或應經適宜的方法滅菌。如培養皿、吸管用不銹鋼簡裝好在160℃-170℃的干燥箱中滅菌 1h~2h；生理鹽水用高壓滅菌器于121℃滅菌20分鐘等。
5）無菌室使用前必須打開無菌室和緩沖間的紫外燈輻照30分鐘以上，并且同時打開凈化風機進行換氣。 在紫外燈關閉后半小時方可進入無菌室進行工作。在樣品檢驗完畢后，應及時清理剩余樣品和各種藥品及玻璃器皿，安全退出后再打開所有紫外燈輻照滅菌30分鐘。
6）送檢樣品在檢驗前應保持外包裝完整 ，不得開啟，以防污染。檢驗前，用75％的酒精棉球消毒外表面，必要時用點燃的酒精棉進行滅菌。
7）每次操作過程中，均應做空白對照 ，以檢查無菌操作的可靠性。
8）吸取菌液時 ，必須用吸耳球吸取，切勿直接用口接觸吸管，如吸管碰到手及其它未滅菌的物體，必須重新更換，以防污染。
9）接種針每次使用前后 ，必須通過火焰燃燒滅菌，待冷卻后，方可接種培養物。
10）帶有菌液的吸管、試管等器皿應浸泡在盛有5％的來蘇兒溶液的消毒桶內消毒，24h取出沖洗；培養皿則需在高壓滅菌器中重新滅菌后方可處理營養基，切記不要直接沖入下水道中，防止阻塞。如有菌液灑在桌上或地上，應立即用5％石碳酸溶液或 3％的來蘇兒傾覆在被污染處至少 30min，再做處理，工作衣帽等受到菌液污染時，應立即脫去，高壓蒸汽滅菌后洗滌。
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